คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จะประกอบไปด้วยหน่วยงาน ภาควิชา ประกอบด้วย 8 ภาควิชา ชั้นปรีคลินิก และ 17 ภาควิชา ชั้นคลินิก รวมทั้งหมด 25 ภาควิชา [9] โดยมีรายละเอียด ดังนี้

ศูนย์วิจัยทางการแพทย์ 4 หน่วยงาน

1. สำนักงานวิจัยทางการแพทย์
2. งานระบาดวิทยาและสถิติ
3. งานจริยธรรมการวิจัยในมนุษย์
4. ศูนย์วิจัยคลินิก

ศูนย์พัฒนาและประกันคุณภาพ 6 งาน

1. งานแพทย์ศาสตร์ศึกษา
2. งานประกันคุณภาพ
3. งานประเมินผล
4. งานวิทยบริการ
5. งานเวชนิทัศน์
6. งานห้องปฏิบัติการ

ศูนย์เทคโนโลยีและสารสนเทศ 3 งาน

1. งานโปรแกรมการบริหารจัดการ
2. งานโปรแกรมการเรียนการสอน
3. งานระบบสารสนเทศ

สำนักงานเลขานุการ 4 งาน

1. งานบริหารและธุรการ
2. งานทรัพยากรบุคคล
3. งานคลังและพัสดุ
4. งานอาคาร สถานที่ และยานพาหนะ